De filosofie over het bestaan en ontstaan van gezondheid en ziekte is in de Mesologie gebaseerd op een drietal principes:
1. Het menselijk lichaam vormt een functionele eenheid.
De mens staat in voortdurende wisselwerking met zijn omgeving. In reactie op deze wisselwerking reageert de mens telkens als één geheel. Het fysieke, mentale, emotionele en energetische lichaam is één in functie.
2. Er is altijd samenhang tussen functie en dysfunctie.
Wanneer een mens uit balans is, ondergaan de structuren (gewrichten, spieren, huid, organen e.d.) symptomatische veranderingen. Er ontstaan klachten. Wanneer deze klachten voortduren ontstaat er een dysfunctie. Door de samenhang tussen functie en dysfunctie vast te stellen kan de oorzaak van de dysbalans gevonden worden.
3. De mens bezit zelfregulerende krachten en is in staat zich voortdurend aan te passen aan interne en externe veranderingen.
Niet de veranderingen zelf (bv. toename bacteriën, verkeerde voeding e.d.), maar de manier waarop het individu op deze veranderingen reageert, is bepalend voor het ontstaan van gezondheid of ziekte. Het zelfregulerend vermogen stimuleert de gezondheid en is gericht op het herstel van het evenwicht.